SARS-CoV-2 och loggor

SARS-CoV-2 bioinformatikövningar

Anders Blomqvist, CC BY-NC-SA

1. Referenssekvens SARS-CoV-2https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi
1.1 Referens Wuhanhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512.2
2. Proteinjämförelserhttps://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/clustalo
3. Patientdata från Gisaid (demo)https://www.gisaid.org
4.1 Translatera sekvenshttps://web.expasy.org/translate
4.2 Jämföra sekvenshttps://web.expasy.org/sim
4.3 Vad heter vår mutation?https://covariants.org
5.1 Nextstrain Globalhttps://nextstrain.org/ncov/open/global/6m
5.2 Nextstrain Sverigehttps://nextstrain.org/groups/neherlab/ncov/sweden?

Sekvenser att analysera

EBI

>1 Referens Spike

MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHS

>2 Patient Spike

MFVFLVLLPLVSSQCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQD

>3 Patient Spike

MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHS

>4 Patient Spike

MFVFLVLLPLVSSQCVNLRTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHS

Expasy

Övrigt

Rekommenderat för dig

Kakor
Den här sidan använder kakor. För att tillåta det väljer du "Acceptera alla". Du kan även välja vilken typ av kakor du tillåter genom att klicka på "Inställningar". Policy: Hur vi hanterar kakor
Inställningar Acceptera alla
Kakor
Välj vilken typ av kakor du tillåter. Inställningarna sparas högst ett år. Policy: Hur vi hanterar kakor
Spara Acceptera alla