Bioinformatik - under utveckling

Använd forskarnas verktyg och analysera vilken SARS-CoV-2 mutation som senast isolerades i Stockholm.
Lär dig använda viktiga analysverktyg och få en inblick i hur stora datamängder kan hanteras. I det här skolprogrammet söker vi i databaser som finns i USA och i Europa och som dagligen fylls på med nya sekvensdata.
Plats
Vetenskapens Hus
Målgrupp
Gymnasiet
Tid
90 min

Gruppstorlek: max 17 elever
Är ni fler än 17 elever? Kombinera gärna med ett annat skolprogram.

Teori

OBS! Programmet är under utveckling och du är välkommen att komma med en grupp elever så att vi kan testa och utveckla programmet. Bokning görs i samråd med Anders Blomqvist som är utvecklingsansvarig för denna aktivitet. 

Bioinformatik och  analys av biologiska data är ett expansivt fält, som omfattar forskning där datorberäkningar används för att analysera molekylärbiologiska data. För en forskare så handlar det om att kunna hantera och strukturera stora datamängder men också kunna visualisera proteiner, göra fylogenetiska träd och jämföra DNA-sekvenser för att nämna några vanliga exempel.

I skolprogrammet så får eleverna ta fram en referenssekvens för SARS-CoV-2, analysera den och plocka fram sekvensen för spike-proteinet. Sekvensen jämförs sedan mot en anonym patientsekvens och eleven skall identifiera vilka mutationer som har uppkommit och fastställa vilken typ av SARS-CoV-2 mutant patienten har.

Anknytning till kurs-/ämnesplan

Biologi 1: Biologins karaktär och arbetsmetoder

  • Avgränsningar och studier av problem och frågor med hjälp av biologiska resonemang.
  • Utvärdering av resultat och slutsatser genom analys av metodval, arbetsprocess och felkällor.
  • Användning av genetiska data för studier av biologiska sammanhang.

Biologi 2: Biologins karaktär och arbetsmetoder

  • Avgränsning och studier av problem och frågor med hjälp av biologiska resonemang.
  • Användning av genetiska data för studier av biologiska sammanhang.

Inför besöket

Eleverna ska känna till följande begrepp:

Aminosyrasekvens/peptidsekvens
Nukleotidsekvens, inklusive 5’/3’ och dubbelsträngat DNA
Mutation, nonsense, missense
Reading frame (läsram)
Alignment (sekvensjämförelser)