Genom att använda viktiga analysverktyg fås en inblick i hur stora datamängder kan hanteras. I det här skolprogrammet söker vi i databaser som finns i USA och i Europa och som dagligen fylls på med nya sekvensdata.
Brödtext
Bioinformatik och analys av biologiska data är ett expansivt fält, som omfattar forskning där datorberäkningar används för att analysera molekylärbiologiska data. För en forskare så handlar det om att kunna hantera och strukturera stora datamängder men också kunna visualisera proteiner, göra fylogenetiska träd och jämföra DNA-sekvenser för att nämna några vanliga exempel.
I skolprogrammet så får eleverna ta fram en referenssekvens för SARS-CoV-2, analysera den och plocka fram sekvensen för spike-proteinet. Sekvensen jämförs sedan mot en anonym patientsekvens och eleven skall identifiera vilka mutationer som har uppkommit och fastställa vilken typ av SARS-CoV-2 mutant patienten har. Efter att mutationen är identifierad kommer eleven granska hur spridd den har varit under pandemin och förstå vilka virusmutationer som är på väg att ta över.
Gruppstorlek: max 17 elever
Är ni fler än 17 elever? Kombinera gärna med ett annat skolprogram.
Anknytning till kurs-/ämnesplan
Biologi 1: Biologins karaktär och arbetsmetoder
- Avgränsningar och studier av problem och frågor med hjälp av biologiska resonemang.
- Utvärdering av resultat och slutsatser genom analys av metodval, arbetsprocess och felkällor.
- Användning av genetiska data för studier av biologiska sammanhang.
Biologi 2: Biologins karaktär och arbetsmetoder
- Avgränsning och studier av problem och frågor med hjälp av biologiska resonemang.
- Användning av genetiska data för studier av biologiska sammanhang.
Inför besöket
Skolprogrammet fokuserar direkt på de bioinformatiska verktygen och deras användning. Därför skall eleverna känna till följande begrepp innan besöket:
Aminosyrasekvens/peptidsekvens
Nukleotidsekvens, inklusive 5’/3’ och dubbelsträngat DNA
Mutation, nonsense, missense
Reading frame (läsram)
Alignment (sekvensjämförelser)
Det görs enklast genom att ta del av förarbetsmaterialet och lösa de uppgifterna som nämns i pdf-materialet samt den quiz som det länkas till.